您父亲与您的母亲离婚时达成的协议中提到“净身出户”，意味着在离婚后，父亲将失去对家庭财产的所有权，并且没有任何财产或资产可以留给子女。然而，在这种情况下，如果您的父亲已经再次结婚并且有了孩子，那么他仍然需要承担起抚养孩子的责任，包括为他们办理户籍登记所需的手续。 如果您想要为您的孩子办理户籍登记，您可能需要向法院申请变更出生证明上的户主信息，或者通过其他合法途径获得相关文件。此外，您还应该考虑如何处理房屋所有权的问题，因为即使离婚协议中提及了“净身出户”的条款，这并不排除父亲作为共同所有人的权利。 对于您的母亲和您而言，虽然父亲失去了对家庭财产的所有权，但您们仍然是该房产的共同所有人。因此，无论父亲是否再婚以及是否有孩子，您们都享有对该房产的继承权，除非有明确的法律规定或协议禁止这种情况发生。 总的来说，解决这些问题的关键在于确保您们对房产拥有同等的权益，并且遵守相关的法律法规。建议您尽快寻求专业的法律意见，以便更好地了解您的权利和义务。