根据我国税法规定，任何单位和个人不得为他人或让自己管辖范围内的纳税人代开增值税专用发票。因此，即使a公司的非独立法人分公司给您公司开具了劳务工程款的发票，您也不能据此向a公司开具相应的增值税专用发票。如果您认为这样的做法不合法，建议您直接向税务机关举报或者通过其他途径寻求解决。同时，为了避免未来的法律风险，建议您在与a公司进行业务合作时，明确约定双方的权利义务，并确保所有交易行为都符合法律法规的规定。