在处理此类纠纷时，首先应明确双方的权益和责任。如果合同确实丢失，那么需要确认是否有其他证据可以证明双方存在有效的合同关系，并且该合同是否是导致无法履行合同的重要因素。 接下来，根据合同中关于违约责任的规定来分析，确定是否属于对方违约。如果有明确规定，则按照约定处理；如果没有规定，可以根据实际情况进行协商解决。 对于剩余部分的资金，如果这部分款项已经支付给甲方或已用于相关项目，可能不会受到合同缺失的影响。但如果这部分款项尚未支付或者已经花费但未能达到预期效果，需要考虑如何合理分配风险。 最终，建议双方通过沟通寻求解决方案，尽量避免采取极端措施。如果协商未果，可以考虑向法院提起诉讼，依法维护自己的合法权益。同时，也可以考虑寻求第三方调解机构的帮助，以达成更加公平合理的解决方案。