医疗机构将单位中药加工成粉末用于药品生产的行为是合法的，但需要注意以下几点。 首先，医疗机构在进行药物研发和生产的过程中，应当遵守相关法律法规的规定，包括但不限于《中华人民共和国药品管理法》等相关规定。 其次，根据《中华人民共和国中医药条例》的相关规定，医疗机构可以依法申请从事中药材、中药饮片的采集、种植、养殖等活动，并取得相应的许可证件。同时，医疗机构也可以依法申请从事中药制品的加工、炮制等经营活动。 再次，医疗机构在进行药物研发和生产的过程中，应当遵循科学原则和技术标准，确保所使用的原料质量和生产工艺符合国家有关标准和要求。 最后，对于您的情况，如果医疗机构已经取得了相关的许可证件，并且其生产的产品符合国家有关标准和要求，那么就可以按照相关规定进行生产和销售。但是，在具体操作中，还需要考虑药监部门的监管要求，以及可能存在的风险和责任等问题。建议您与当地的食品药品监督管理局联系，了解具体的政策和要求。