根据您的描述，您在去年经营了一家超市，并没有按照规定进行纳税申报。今年四月中旬，税务机关对您的店铺进行了检查，发现您的日营业额达到五千多元，要求按照3%的比例来确定税额。虽然您认为这个比例过高，但是税务机关并没有给出具体理由。 关于税额的计算方式，通常情况下，如果您的销售额超过了规定的起征点（通常是销售总额的一定比例），那么需要缴纳相应的增值税和其他相关的税收。然而，在实际操作中，具体的税率和征收标准可能会因为地区差异、行业特点等因素而有所不同。 对于您的疑问，建议您可以尝试与税务机关沟通，了解他们为什么给出了这样的税额比例。同时，如果您确实认为自己的税额过高，也可以考虑向当地税务机关申请减税或者退税。 此外，如果税务机关已经做出了决定并开始征收，您也可以考虑寻求法律顾问的帮助，以便更好地保护自己的权益。最后，为了避免类似情况再次发生，建议您在未来经营过程中遵守相关规定，及时进行纳税申报，避免不必要的纠纷。