您好！首先，需要确认的是您所描述的情况是否属于违法建设范畴，并且您的公司是否有合法的使用该厂房的权利。 如果您的公司是在未经许可的情况下擅自租赁并使用了违建厂房，那么可能面临罚款和拆除等处罚。在这种情况下，如果您已经投入了大量的资金用于该厂房的建设和使用，可能会产生一定的经济损失。 对于这种情况，建议您及时与当地政府部门沟通，了解具体的法律程序和可能的赔偿方案。同时，也可以考虑寻求专业的法律顾问的帮助，以更好地维护自己的权益。 最后，需要注意的是，在处理类似问题时，应当遵循当地的法律法规和政策规定，避免因不当行为而受到不必要的法律制裁或经济负担。