根据《中华人民共和国行政许可法》的规定，如果您的商铺已经使用了多年，且没有办理过营业执照，您可以向当地的工商行政管理部门申请补办营业执照。补办过程中可能会涉及到一定的程序和费用，但具体情况需要您提供更详细的信息进行判断。 此外，是否会被罚款也取决于具体的情况。如果您未按照规定及时补办营业执照，可能会被处以罚款。因此，在补办之前，建议先了解相关法规，并按照要求提交所需材料，以便避免不必要的麻烦。