如果您与妻子已经分居三年，并且您在外遇中遇到了第三者并与其同居，这可能会导致您的婚姻破裂。在这种情况下，您可以根据以下步骤申请离婚。 了解适用的法律程序。在中国，如果双方同意离婚，则可以按照《中华人民共和国民法典》的规定进行。该法律规定了一般程序，包括但不限于提起离婚诉讼、法院受理案件、开庭审理等。 提起离婚诉讼。首先，您需要向人民法院提交书面起诉书，说明双方自愿离婚的原因以及对子女抚养权、财产分割等方面的意见。此外，还需要提供夫妻共同财产清单等相关证明材料。 法院受理案件。在收到起诉书后，法院会通知双方当事人参加调解或开庭审判。在庭审过程中，法官将听取双方意见，最终作出判决。 宣判离婚。如果法院认为双方符合离婚条件，将会宣布离婚。在宣判离婚的同时，也会裁定涉及的其他事项，如子女抚养权、财产分配等。 执行离婚协议。一旦法院做出离婚判决，双方应当按照判决书的要求履行各自的义务，以确保离婚协议的有效执行。 请注意，在处理此类事务时，建议您寻求专业的法律帮助，以便更好地保护自己的权益。