根据《中华人民共和国土地管理法》的规定，农民集体所有的土地由本集体经济组织成员依法享有占有和使用权利。未经县级以上人民政府依法批准，任何单位和个人不得占用耕地从事非农业建设。因此，如果二十年前开垦的荒沟属于农民集体所有，并且未进行过非农业建设，则该荒沟不属于违法占用耕地。但需要注意的是，具体的处理方式需要结合具体情况来确定，例如是否符合当前的土地利用规划等。建议您在具体情况进行咨询当地国土部门或相关专家以获取更准确的信息。