根据您提供的信息，如果您的劳动合同中明确约定“服务器未本人签约时间为准”，并且在未完成合同期限内自行离职，公司有权要求扣除培训学习期间的费用。因此，从第三个月开始计算工资。 然而，需要注意的是，如果您在培训期间没有获得任何报酬，那么这部分费用应当由公司承担，而不是由您支付给公司。所以，在这种情况下，除非您已经获得了相应的工作或培训报酬，否则公司无权从您的第一份工资中扣除这部分费用。 此外，关于扣款的具体数额和方式，建议您与公司进行沟通，了解具体的扣款条款，并确保自己的权益得到保护。同时，可以考虑寻求劳动法律专家的帮助，以便更好地理解相关法律规定并维护自身的合法权益。