您好，根据《民法典》及相关法律规定，如果甲方未经乙方同意擅自更新手机系统和恢复出厂设置，导致乙方的重要文件丢失，甲方向乙方承担赔偿责任。具体而言，甲方的行为属于侵权行为，应当承担相应的法律责任。 在处理此类纠纷时，建议双方进行协商解决，以避免不必要的法律诉讼。如果协商不成，可以向人民法院提起民事诉讼，要求甲方承担赔偿责任，并可能获得损害赔偿金或其他补偿措施。同时，也可以考虑通过调解方式解决争议，以便快速解决问题并减少经济损失。