作为一家游戏公司的一级代理，您在代理运营后获得的收益是通过游戏的销售和用户注册等渠道实现的。按照您的描述，如果您的收益为4万元，并且您需要向合作伙伴（即一级代理商）支付约60%的佣金，则您的实际所得将低于4万元。这可能是因为计算错误或者可能存在其他未公开的信息导致的。建议您与合作伙伴进行详细沟通，确保双方都了解并遵守所有相关的协议条款。如果您还有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时联系我。