您好！关于您提出的问题，兵团的承包合同是否受到法律保护以及法院是否应该根据兵团的规定进行判决，需要具体分析。兵团作为地方政府，其制定的法规和政策可能具有一定的地域性和特殊性，但并不排除它们与国家法律法规相冲突的情况。因此，在处理此类案件时，法院通常会依据相关的法律法规作出裁决。 然而，需要注意的是，即使兵团的法规或政策被认定为有效，如果该法规或政策的内容违反了宪法、民法典等基本法律原则或者规定，那么该法规或政策也可能被视为无效。因此，当兵团的法规或政策与国家法律法规存在冲突时，应当优先适用国家法律法规，以确保司法公正和合法性。 总之，对于兵团的承包合同是否受到法律保护以及法院是否应根据兵团的规定进行判决的问题，建议您详细查阅相关法律规定，并寻求专业的法律意见。