民事纠纷赔偿不会留下案底。 民事纠纷的主体之间法律地位平等，其内容是对民事权利义务的争议，同时，民事纠纷具有可处分性，故民事纠纷不会留下案底。 民事纠纷由法院负责管辖并裁决，法院会对民事纠纷案件存档。所以在民事纠纷案件中，法院会有案件记录。但案件记录只是法院的案件档案，不是行政处罚案底也不是刑事犯罪案底。