在进行房屋过户时，如果存在超出土地使用证上记载的面积的情况，可能会导致房产无法顺利过户或面临一定的罚款。这种情况下，如果房子已经被购买并使用了两年，那么通常需要由卖家承担相关的费用和责任。 根据中国现行法律规定，对于超过实际面积的部分，通常需要缴纳一定比例的土地使用权出让金或者补交差额部分的土地出让金。具体金额取决于当地的具体政策规定以及超面积的比例。 此外，如果超面积涉及的是非住宅性质的建筑（如车库、地下室等），还可能需要缴纳额外的税费，比如契税、印花税等。 总之，在办理房屋过户手续前，建议详细了解当地的房地产管理政策，并与专业的房地产顾问进行沟通，以确保操作过程合法合规，并避免不必要的纠纷和经济损失。