如果公司通过银行向员工的账户转账，并且该转账行为是公司与员工之间的借款行为，那么原则上，公司是可以根据银行转账记录来起诉员工的。银行转账记录可以作为证据证明资金的流动，如果公司能够证明转账的目的是借款，并且员工没有按照约定归还借款，公司可以依据《合同法》等相关法律规定，向法院提起诉讼，要求员工归还借款。 然而，如果转账行为并非借款，而是其他性质的款项，比如工资、奖金等，公司则不能仅凭银行转账记录来起诉员工。此外，如果公司与员工之间没有明确的借款合同或其他书面协议，证明借款关系的存在，公司在诉讼中可能会面临证据不足的问题。 因此，公司在起诉前应确保有充分的证据支持其主张，包括但不限于借款合同、借条、还款计划、通讯记录等，以提高诉讼的成功率。如果公司在证据方面存在疑问，建议咨询专业律师，以获得更具体的法律意见和指导。