在劳动合同中明确约定的条款应当具有法律效力。如果您的工作合同中有明确规定，在您未能完成合同期限的情况下，工厂有权扣除一定数额的工资作为违约金。但是，这种规定必须是双方协商一致的结果，并且不得违反法律法规的规定。如果您认为该条款不公平或不合理，可以考虑与雇主进行沟通，要求重新评估合同中的相关条款。此外，也可以寻求劳动监察部门的帮助，以确保自己的权益得到保护。