在签订任何合同或协议时，确保所有必要的文件都已完整提供是至关重要的。如果您在工程协议中使用了对方的身份证复印件和营业执照复印件，并且对方提出反对意见，那么您确实可能面临一些限制。 根据中国法律规定，如果一方提供的材料不真实或者存在虚假信息，另一方有权拒绝接受这些材料作为合同的一部分。因此，在某些情况下，您的行为可能会被视为对合同的有效性构成威胁。这可能会影响您与雇主之间的合作关系，甚至可能导致您被要求赔偿损失。 在这种情况下，建议您再次确认双方是否同意使用身份证明进行合同签署，并考虑寻求法律顾问的意见以保护自己的权益。同时，您可以尝试通过协商解决这个问题，或者通过法律途径来解决问题。重要的是要确保所有的沟通都是透明的，避免任何潜在的法律风险。