在合同中明确规定基础工程是否包括在内，并明确约定结算方式和标准。如果双方对基础工程的计算方法有争议，可以考虑通过仲裁或诉讼解决。此外，在施工过程中，应保留相关证据，如施工记录、测量报告等，以证明自己的权益。同时，也可以寻求第三方机构（如建筑行业协会）的帮助进行调解或者评估。 请记得，为了保护自己，应该事先与雇主就工程细节进行详细的沟通，并要求对方提供正式的报价单，以便于准确地计算费用。另外，为了避免未来可能出现的问题，建议在签订合同时，尽可能地争取对自己有利的条款和条件。