根据我国法律规定，房屋的产权登记是按照房屋的实际使用情况来确定的。因此，在您购买的这套二手房中，如果房本上写的是总层数为6层，而实际上只有5层，则说明该房产已经被拆除了部分楼层，并且在您购买时已经将这部分被拆除的部分计入了新的建筑面积之中。 在这种情况下，如果您只是购买了其中的一部分楼层（即第3层），那么这并不会直接影响您的房屋所有权和居住权益。因为即使只有第3层的房子还在原处，其他被拆除的部分仍然没有计入到您的房产面积中，所以您购买的第3层房子仍然是完整的。 不过，需要注意的是，由于房产证上的信息可能会与实际情况不符，所以在办理相关手续或进行交易时，建议您仔细核对房产证的信息，以确保自己的合法权益不受损害。此外，如果未来需要进行房屋维修或扩建等涉及房产结构变更的情况，也需要了解清楚具体情况后再做决定。