根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，一方当事人违反约定的义务或者履行义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。 在这个案例中，如果乙方在获得有限毕业证书之后拒绝甲方的工作安排，则属于违约行为。根据实习协议中的条款，乙方应支付相应的违约金，即3000元。因此，你可能需要支付该款项。但是，在支付之前，建议你仔细阅读协议中的所有条款，并确保自己了解自己的权利和义务。如果你对协议有任何疑问或担忧，请及时与法律顾问进行咨询。