根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，自然人甲作为委托人与施工方A公司签订了挂靠协议，并支付了相应的费用。因此，甲应当向A公司主张权利。 在本案中，由于施工项目未完成，导致甲未能从A公司获得预期的收益。在这种情况下，A公司作为委托人应当承担违约责任，包括赔偿甲的损失。 至于乙公司的责任，根据相关法律规定，如果甲能够证明乙公司在签订合同时知道或者应当知道A公司的行为构成欺诈，并且因此而遭受损害，则乙公司可能需要对甲的损失承担赔偿责任。但是，在本案例中，甲并未能提供足够的证据证明乙公司存在上述情况。 综上所述，基于以上分析，对于500万元的质保金，应由A公司承担还款义务，而非B公司或两公司共同承担责任。