《中华人民共和国民法典》规定了离婚后子女抚养权和财产分割的原则，即双方应当平等协商，根据子女权益、男女双方经济状况等进行合理安排。对于离婚后的房产分配，法律规定应当公平合理，并考虑家庭成员之间的情况以及子女成长环境等因素。 在你所描述的情况下，如果双方能够达成一致意见并依法签订书面协议，该协议应当被视为有效的法律文件。但是，由于涉及到的是农村自建房，可能需要进一步了解当地的房产登记政策及法律法规，以确保协议的有效性和合法性。 此外，如果你认为协议中的某些条款不公平或违反法律规定，建议及时寻求专业的法律顾问帮助，以便在必要时通过诉讼途径维护自己的合法权益。同时，也可以考虑向当地司法部门咨询，获取更详细的信息和支持。