在柬埔寨投资卷烟厂是合法的。柬埔寨政府鼓励外国投资者在该国进行商业活动，并且有明确的法规和政策来保护外国投资者的利益。因此，在柬埔寨投资卷烟厂是符合当地法律法规的。然而，具体的投资项目需要根据柬埔寨的国家政策和相关法律规定来进行。建议您咨询当地的法律顾问或投资顾问以获取更详细的信息和指导。