我于2008年1月从单位法人手中购买了一套房子，有转让协议，付款单据并加盖了单位公章和法人签名，接手后房屋一直由我出租并收取租金。后于2012年公司副总起诉至法院，请求法院判定此买卖协议无效，并要求一并返回租金和退还房屋给他个人，后经过法院判决驳回了副总的所有诉讼请求，请问我的转让协议有效吗？法院的判决该怎么理解？谢谢！！