违法发放贷款的贷款已经被追回的，会不会对犯罪嫌疑人提起刑事诉讼，由检察机关依据实际情况决定。 《中华人民共和国刑事诉讼法》 第十五条　有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪： (一)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的; (二)犯罪已过追诉时效期限的; (三)经特赦令免除刑罚的; (四)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的; (五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的; (六)其他法律规定免予追究刑事责任的。