在您提交的案例中，您的公司与开发商签订了一份施工协议，并且约定将公司投资购买的开发商数十套房屋的价格作为工程款进行抵扣。然而，在施工过程中，开发商未能及时支付工程款项给您的公司，导致房屋无法办理任何手续。在这种情况下，您的公司决定提出解除施工协议中的相关条款。 根据我国《民法典》的规定，一方当事人有权要求变更或者解除合同的情形包括但不限于双方协商一致达成协议、不可抗力导致合同目的不能实现等。因此，您的公司有权根据实际情况提出解除施工协议中的某些条款。 然而，需要注意的是，是否能够成功解除施工协议中的条款取决于多个因素，例如是否有有效的书面证据证明您的公司已经履行了部分付款义务；是否有足够的证据表明解除条款是出于正当理由，如开发商未能按期支付工程款项等；以及开发商是否愿意接受解除条款。 如果您的公司在上述条件满足的情况下仍然无法获得开发商的同意，则可能需要考虑通过法律途径解决，比如提起诉讼或仲裁，以维护自己的合法权益。建议您在处理此类案件时寻求专业的法律顾问帮助，以便更好地保护自己的权益。