经济适用房的产权性质为福利性住房，其所有权归政府所有。在实践中，对于经济适用房下的两层作为商铺使用的情况，通常需要根据具体情况分析是否合法。 首先，依据《中华人民共和国民法典》的规定，建筑物区分所有权人享有对共有部分的占有、使用、收益和处分的权利。如果房屋的所有权人为政府，则该房屋属于公共财产，其用途由国家决定。 其次，在实际操作中，如果开发商将经济适用房用于商业运营，可能会涉及违反城市规划和土地管理的相关规定，可能面临行政处罚的风险。此外，由于经济适用房的建设成本较低，可能存在较高的税费负担，也有可能影响到政府的投资回报率。 综上所述，建议您与当地房地产管理部门或法律顾问详细咨询相关政策法规，以确定具体的操作方式和风险评估。同时，考虑到此类问题往往涉及到复杂的法律规定和技术细节，建议寻求专业人士的帮助。