不可以。根据《中华人民共和国民法典》及其司法解释的规定，夫妻双方可以在任意一方户籍所在地的民政部门申请离婚登记。如果当事人想要在南京协议离婚，他们需要首先在江苏境内的任意一方户籍所在地的民政局办理离婚登记手续，并且必须是双方都同意离婚的情况。如果只是其中一方提出离婚，则无法在南京进行协议离婚。