根据《婚姻登记条例》的规定，协议离婚应当在双方当事人共同户籍所在地的婚姻登记机关办理。因此，如果男方和女方的户籍所在地都在清远连州市，并且他们选择在清远连州市的民政局办理协议离婚，则该离婚行为有效。 需要注意的是，即使两人户籍所在地在同一地区，也不意味着他们必须在同一个地方办理离婚手续。例如，如果一方居住在广州市而另一方居住在广州周边的其他城市，他们仍然可以选择在广州附近的婚姻登记机关办理离婚手续。 此外，由于协议离婚需要双方自愿达成一致，因此在任何情况下，如果其中一方不愿意离婚或者不同意协议离婚，那么该离婚协议将无法生效。在这种情况下，他们可以考虑通过诉讼途径解决离婚问题。