你好，关于你提出的农村房屋相邻纠纷在前，办证在后的合法性问题，需要具体情况具体分析。首先，根据《中华人民共和国土地管理法》的规定，宅基地使用权属于集体经济组织成员的专属权利，未经批准和登记不得转让、出租、抵押等。 其次，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动，应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。因此，在办理相关手续时，当事人应当依法行使自己的权利，自主决定是否进行房产交易，并在交易过程中遵守相关的法律法规。 最后，建议你详细查阅相关法律法规，了解具体的法律规定和程序，以确保你的权益得到保护。同时，也可以寻求专业的法律帮助，以获得更准确的解答。