如果婚姻关系已经结束，并且儿子和其配偶已经签订协议确定该笔款项为个人财产，则这笔款项不会被视为夫妻共同财产。根据中国相关法律规定，夫妻在婚姻期间取得的财产应当是双方共同所有。因此，即使这笔款项是由母亲支付给儿子，也应视为儿子的个人财产。 然而，在某些情况下，如果儿子与其配偶签署的协议存在缺陷或无效，或者母亲没有明确表示这笔款项为个人财产，那么这可能会对处理遗产分配产生影响。在这种情况下，法院可能需要重新评估这笔款项是否应该被认定为夫妻共同财产，以及如何分割这一部分财产。 总之，具体处理此类问题时，建议咨询专业的法律顾问以获得更准确的指导。