根据您提供的信息，您与前夫就子女抚养权达成了一份协议。这份协议中明确了女儿由您抚养，儿子由前夫抚养。如果这个协议是双方真实意愿的体现，并且符合法律规定和道德标准，则在一定程度上具有法律效力。然而，由于您提到对方未将该协议提交给民政局盖章，这可能会影响其法律效力。此外，您还提到村长已经出具了证明，但并没有明确指出是否得到了民政部门的认可。因此，在确认协议的有效性方面，建议您寻求专业人士的帮助，如律师或婚姻家庭顾问，以便获得更准确的指导和帮助。