根据法律规定，公安机关在依法执行职务时，可以对与违反治安管理行为有关的场所、物品、人身进行检查。但是，在这种情况下，如果已经进行了调解并达成协议，并且已经支付了赔偿金，那么公安机关通常不会扣押被损坏的手机。因为按照法律规定，除非有特别的情况，否则公安机关不应扣押财物作为证据或财产。