如果夫妻双方在一家公司中各自持有50%的股份，并且该公司的注册资本为100万元人民币，则在离婚时，可以按照以下方式处理。 如果夫妻双方同意以现金方式进行股份分割，那么根据《中华人民共和国民法典》的规定，应当公平合理地分配财产。 如果夫妻双方无法就股份分割达成一致意见，可以根据法律规定，通过法院调解或者判决的方式进行分割。人民法院将综合考虑各方的具体情况，包括但不限于夫妻双方的实际贡献、各自的经济状况、子女抚养和赡养等因素，来确定合理的分割比例。 在实际操作过程中，需要注意的是，无论采取何种方式分割股份，都需要遵守法律法规的规定，确保公平公正。同时，也要考虑到可能产生的税务问题，如股权转让所得是否需要缴纳个人所得税等。 最后，建议夫妻双方在离婚前就股份分割问题进行充分协商，尽可能避免纠纷的发生。如果无法达成一致，可以通过法律途径解决。