首先，需要明确的是，未成年人打架是否构成犯罪或受到刑事处罚，取决于多个因素，包括但不限于行为性质、年龄、是否有前科记录以及案件的具体情节。在大多数情况下，未成年人打架不会直接导致他们被判处刑罚。 其次，如果被打的未成年人向警方报案并要求进行法医鉴定，这通常被视为一个正式的报警过程，并且可以作为后续法律程序的基础。然而，法医鉴定的结果并不一定代表被打者的伤害程度，因为不同的方法和标准可能会得出不同的结论。 再次，如果双方达成调解协议，那么该协议可能不具有法律约束力，但仍然可以作为将来争议解决的一种方式。在这种情况下，如果一方拒绝履行协议，另一方可以选择提起诉讼以追究对方的责任。 最后，关于医药费的问题，这通常由受伤者自行承担，除非有证据表明是故意伤害或其他特殊原因导致的。如果医药费用是由打人者支付的，则应由打人者承担。如果医药费用是通过保险理赔等方式支付的，则可能涉及保险公司赔偿的问题。 综上所述，未成年人打架是否会被留下案底，以及如何处理医疗费用等问题，需要根据具体情况进行分析。建议寻求专业的法律顾问帮助，以便更好地理解和应对这些复杂的情况。