尊敬的客户， 根据您提供的信息，双方在婚姻期间共同购买了一套房产和一个店面。其中，房产是男方婚前通过按揭方式取得的，并且所有还款都由女方的父母承担；而店面的贷款是由女方的父母负责偿还。 现在，女儿要求分得这些财产中的100万元，但考虑到房产和店面都是双方共同拥有的财产，如果仅从个人权益的角度出发，这100万元可能需要按照公平原则进行分配。但是，在处理此类案件时，法官会考虑多个因素，包括但不限于双方对家庭贡献程度、是否有子女等因素。因此，建议你们双方尽快协商并达成共识，以避免诉讼带来的不便和损失。 同时，由于已经处于分居状态两年以上，法院可能会倾向于判决夫妻一方获得一定比例的共同财产作为补偿，具体数额需根据实际情况来定。此外，对于孩子的抚养权问题，也需要双方协商解决，确保孩子能够得到最好的照顾。 最后，我建议你们及时联系专业的律师，以便更好地了解自己的权利和义务，以及如何合法地保护自己。祝你们早日解决问题，维护家庭和谐。