根据《中国共产党纪律处分条例》的规定，对于检察机关作出的不予起诉决定，党员应当按照规定执行。如果在案件中存在证据不充分或者有其他瑕疵的情况，可以向上级党组织提出申诉。 对于违反党的纪律的行为，应当进行相应的党纪处分。具体到此案，如果检察机关对案件作出了不予起诉的决定，并且该决定是基于证据不清等原因提出的，那么需要根据具体情况来判断是否需要对党员进行党纪处分。 一般来说，如果党员在案件审理过程中没有积极履行职责，导致证据不充分或者有其他瑕疵，可能会影响案件的公正处理。在这种情况下，上级党组织可能会要求党员改正错误，或者根据情节轻重给予相应的党纪处分。 需要注意的是，具体的党纪处分应由相关组织或部门依据相关规定进行。同时，对于党员的申诉，也应遵循相应的程序和规则，确保其合法权益得到保障。