一、劳动者旷工一天扣三天工资，不违法。
用人单位在不违反法律规定的前提下，根据自身的管理需要，可以制定规章制度。
二、法律依据：
最高人民法院《关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释》
第19条规定：“用人单位根据《劳动法》第四条之规定，通过民主程序制定的规章制度，不违反国家法律、行政法规及政策规定，并已向劳动者公示的，可以作为人民法院审理劳动争议案件的依据。”