您好！根据《中华人民共和国刑法》第二百零七条的规定，“非法出售、购买伪造的增值税专用发票或者可以用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的”，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。因此，如果您的公司确实丢失了增值税专用发票，请及时向税务机关报告并补办相关手续，避免因违法行为受到刑事处罚。同时，建议您寻求专业的税务顾问帮助，以便更好地保护公司的合法权益。