您好！根据国家相关政策规定，农村居民在乡镇卫生院就医的费用可由新型农村合作医疗基金进行报销。报销比例一般为70%-90%不等，具体标准以当地政策为准。建议您详细查看您所在地的新农合报销政策，并与当地的医疗机构联系，获取更准确的信息和具体的报销流程。祝您的母亲早日康复！