在您所描述的情况下，如果甲方已经支付了购买宅基地的资金，并且将该资金用于购买了宅基地的土地使用权，那么根据我国相关法律规定，土地的所有权应该属于甲方。因此，在这种情况下，即使房地产上的名字是乙方的名字，但实际的土地所有权应当归属于甲方。 另外，关于"跑腿费"的问题，如果这个费用是由甲方直接支付给乙方的，那么这笔费用应视为甲方对乙方服务的认可和补偿，不应该被视为乙方占有宅基地的依据。因此，除非合同中有明确约定，否则不应将这一费用视为土地所有人的变更。 总之，从法律角度出发，宅基地的土地使用权应当归甲方所有，而与房地产上的产权无关。如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时联系我。