《民法典》规定，债务人不履行到期债务或者发生当事人约定的实现抵押权的情形，致使抵押财产被人民法院依法扣押的，自扣押之日起收取的留置金或者保证金，应当作为变价款或者拍卖价款的优先受偿权利。因此，如果借款人因未按时还款而产生的逾期费用、违约金、滞纳金和管理费属于法定的债权，并且这些款项在扣押后作为抵押财产被法院依法扣押，则可以作为抵押财产的一部分进行处理，但需要按照法律规定的方式进行分配。此外，需要注意的是，在实际操作中，债权人应与债务人协商解决争议，并根据合同条款确定合理的解决方案。