《中华人民共和国传染病防治法》第五条规定。“各级人民政府应当采取措施，加强传染病的预防、医疗救治和护理工作。”该法明确规定了政府在传染病防控方面的职责。 《中华人民共和国疫苗管理法》第七条也规定。“国务院卫生健康主管部门负责全国疫苗监督管理工作。县级以上地方人民政府卫生健康主管部门按照各自的职责，负责本行政区域内疫苗监督管理工作。” 根据上述法律规定，如果监狱存在违规跨区接种流感疫苗的行为，这可能违反了相关法律法规的规定，因为这些行为可能会导致公共卫生安全风险增加，影响公众健康和社会稳定。因此，这种做法是不合法的，需要纠正并遵守相关规定。