您好，根据我国法律规定，如果土地使用人拥有土地使用权，并且在建造房屋时签订了合法有效的书面协议，那么该协议可以作为证明所有权的有效文件。但是，在实际操作中，建议您寻求专业的房地产律师的帮助，以便更好地理解您的权利和义务，并确保协议符合当地的法律法规要求。