您好！如果您的公司在厦门，在厦门的人民法院提起诉讼，并且对方在晋江的人民法院不撤诉，那么您公司可以考虑向厦门的人民法院起诉。通常情况下，如果案件涉及两个以上的法院管辖权，则应当由最先立案的法院管辖。如果您对管辖权有疑问，建议咨询专业的法律顾问或直接联系法院进行询问和协商。希望这些建议能帮助到您！