如果政府在征用过程中存在违法行为，并且这种行为导致了原告的财产损失，那么原告有权要求赔偿。然而，在这种情况下，是否应该由法院保护原告的房屋，这取决于具体的情况。 首先，需要明确的是，法院作为国家司法机关，其职责是维护社会公共利益和公民合法权益。因此，当政府的行为损害了公众利益时，法院有义务对这类行为进行审查并采取相应的措施以保护公共利益。 其次，对于个人而言，如果认为自己的房屋被政府非法征用或破坏，则可以向法院提起诉讼。在这种情况下，法院将根据法律规定和证据材料来评估政府的行为是否合法以及是否存在侵害到个人权益的问题。 最后，需要注意的是，法院在处理此类案件时可能会考虑多种因素，包括但不限于法律程序的效率、证据的有效性、受害者的经济状况等。因此，在提出诉讼前，建议先收集足够的证据证明政府的违法行为，并寻求专业的法律意见，以便更好地保障自身权益。