《中华人民共和国民法典》明确规定，自然人下落不明满二年的，利害关系人可以向人民法院申请宣告该自然人为失踪人。因此，在您所述的情况下，如果您的配偶已经下落不明满两年，则可以向法院申请宣告其为失踪人。 在法院判决失踪后，如果您与失踪人的婚姻关系仍然存在，并且双方共同签署了一份书面协议（例如，离婚协议），那么该协议可能具有法律效力。但是，如果该协议中没有涉及任何关于财产分割或者子女抚养权等事项，那么这些条款并不一定对您有约束力。 因此，建议您详细阅读协议内容，并考虑聘请专业的律师进行审查，以确保协议的有效性以及是否需要进一步采取行动来保护自己的权益。