根据您提供的信息，双方已经登记结婚，并且孩子目前三岁多，但孩子的户口和居住地都在女方一方，而男方则住在女方的父母家中。 在这种情况下，如果双方协议离婚，但对方不愿意离婚，那么可能需要考虑以下几点。 法律上，如果双方自愿同意离婚并达成协议，通常情况下法院会支持这种做法。但是，这需要双方能够协商一致，并且满足一定的条件，例如财产分割、抚养权等。 在这种情况下，建议先尝试与对方进行沟通，了解其拒绝离婚的原因。同时，可以考虑通过调解等方式解决争议，以寻求一个有利于双方的解决方案。 如果经过多次努力都无法解决问题，或者对方拒绝离婚的态度非常坚决，那么可能需要考虑采取其他措施，如申请强制执行离婚判决书，或向人民法院提起诉讼请求解除婚姻关系。 需要注意的是，在处理此类案件时，应当尽可能维护双方的合法权益，并避免不必要的纠纷和冲突。因此，在做出任何决定之前，建议咨询专业的法律顾问，以便获得更详细的指导和帮助。