根据您提供的情况，乙方已经按照合同约定完成了施工项目，并且项目已经通过业主验收合格并通车运行，质保期也已超过两年。在这种情况下，甲方有义务按照合同约定支付乙方的质保金。 如果甲方未按时支付质保金，乙方可以采取以下步骤维护自己的权益： 1. 首先，乙方应向甲方发出书面催款通知，明确指出甲方未履行合同义务，要求甲方在一定期限内支付质保金及相应的违约利息。 2. 如果甲方在收到催款通知后仍未支付，乙方可以依据合同中的争议解决条款，选择协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决争议。 3. 在协商或调解无果的情况下，乙方可以向有管辖权的人民法院提起诉讼，要求甲方支付质保金及违约利息。 在诉讼过程中，乙方需要提供合同文本、工程验收合格证明、催款通知等相关证据，以证明甲方的违约行为。同时，乙方可以主张因甲方违约而产生的损失，包括但不限于逾期利息等。 总之，乙方应积极采取法律手段，维护自己的合法权益。在实际操作中，建议乙方咨询专业律师，以获得更为专业和具体的法律指导。